邵應魁，字偉長，號榕齋，金門所（金門守禦千戶所）人。自幼就很聰慧，曾攻讀詩書，縣試成績優異，列考生之首。因父親去世而沒有參加鄉試。嘉靖年間，倭寇肆虐東南沿海各地，俞大猷任守禦金門千戶所正千戶，邵應魁和他一起學習，由於俞大猷是武進士出身，文武兼備，邵應魁受到他的感染與指導，於是他將此作為自己努力的方向。
嘉靖二十五年〈1546〉丙午科，邵應魁中式武舉，次年登丁未武進士，是同安縣登武第的第一人。授所鎮撫，贊畫南贛軍門，那時江西南部多峒族土著之亂，邵奉檄前往曉諭，對方以兵來恫赫他，他卻不為所動。對方再以一些妖魔邪術等技倆來挑釁，同樣得不到效果，在對方一而再、再而三的挑釁無效後，只得俯首受撫。於是中丞向當局上疏，薦可大用。
嘉靖三十四年（1555），倭寇進犯浙江沿海，朝廷徵詔平倭人選，總制張公以推荐邵應魁隸俞大猷幕下，俞大猷非常高興說：「有邵撫軍來，倭不久可平矣。」當時倭寇氣勢猖獗，應魁先後在平望橋、衢山等處，裹血奮戰，終使賊退去。後移師吳淞，復應援嘉定、上海、江陰等處，而川沙窪之戰，擒斬尤多。嘗雪夜率三百人，披簑持火藥，夜半潛抵賊柵，風發火熾，壁上下如赭，大兵鼓譟進焉，賊多焚死。旋督兵黃窯港，直衝賊船，砲弩齊發，賊焚溺者死無數，餘寇遁走，復設伏敗之。追至乍浦，沉倭船二，以功陞南直隸遊兵把總，又陞永寧衛指揮使。
在一次總兵盧鞺被彈劾的事件中，邵應魁受波及而解職。之後由於倭寇橫行粵中，總督吳桂芳請以邵應魁出任參將鎮守廣東惠州、潮州，應魁提哨船不滿三十艘，與賊船百餘艘相遇，應魁獨當一面，乘夜截擊，手射殺賊血流成渠，圍乃解，復命諸軍破之。
不久後又被閩巡按陳某所齕，遂求去。從此杜門却掃，校譽左史，寄情詩酒之間。金門、同安地方志書對他的評述是：「性孝友，俸入恣兄，出入不問。金門有園林之趣，兄心欲之，即移家禾山，而推宅與兄。巡憲及郡僚行部往返，枉車騎，得其詩乃去，然未嘗有所干。」邵應魁終年七十六而卒，著有《射法詩稿》行世。
