金門朱子祠位於浯江書院內，為紀念南宋理學大師朱子而建。浯江書院整體格局延續傳統書院精神，兼具儀典性、教育性與宗教性。民國80 年，指定建築群中的朱子祠為「二級古蹟」，文化資產保存法修法後改列為國定古蹟，其餘建築則列為附屬建築。
朱子祠為三開間、歇山重簷建築，四周環以檐廊，前方設有月臺，供昔日恭接詔書與舉行典禮之用，整體風格簡樸而莊嚴。由於清代金門未設文廟與明倫堂，朱子祠遂兼具教化、祭祀及官方禮儀等多重功能，凡萬壽聖節、恭接詔書等重要儀典，皆於此舉行；此外，書院亦曾因應天災人禍，暫作公署或賑災場所使用。
朱子祠內部設置神龕，供奉朱子塑像、畫像及神主牌。大門上方懸掛漢學大師錢穆題書之「朱子祠」匾額，殿內另有福建巡按使許世英所題「海濱鄒魯」匾。龍邊牆面懸掛「朱子學術」，虎邊為「朱子生平」。正立面大門兩側聯對「似見尼山傳道日，猶聞鹿洞聽經時」，為孔子第七十七代嫡長孫、襲封第三十二代衍聖公孔德成於民國64 年所撰。正立面左右小港間之身堵，開設圓形螭龍團爐窗。
朱子祠月臺及四周檐廊之石板地坪，至今仍保留乾隆年間的原有構件。台基採「素平」工法，以石條層層堆疊形成平整陡板，其上鋪設長形階邊石，歷次修復皆依原貌保存，為珍貴的歷史實物見證。
朱子，名熹，字元晦，號晦庵，是南宋著名的理學家，南宋建炎4 年（1130）生於福建，慶元6 年（1200）逝世於建陽考亭，享年71 歲。
朱子18 歲中舉，次年登進士，24 歲任同安主簿。任滿後，曾在武夷山講學，又受教於理學家李侗，承襲了洛學正統，成為二程（程顥、程頤）的弟子。
晚年，構築武夷精舍及竹林精舍，致力招徒授學，潛心著書立說，主張窮理以致其知，反躬以踐其實。他的思想集各理學之大成，兼採張載、周敦頤學說，對後代儒家的思想有很深遠的影響。
宋紹興23 年（1153）朱子任同安縣主簿時，曾過化金門，教育士民，涵泳經義，移風易俗，貢獻頗大。蒙朱子教化之後，更是民風淳樸，文風鼎盛，雖生活困苦的農村，而絃歌不輟。到明朝以後，金門科第輩出，文章德業，大放異彩，宋明清三代金門共計有50 名進士，使金門贏得「海濱鄒魯」的美譽。
宋代以後，閩南漳泉各地，為紀念朱子教化之恩澤，或立專祠，或配祀學宮，金門為感念朱子教化遺澤，故於清代在浯江書院內建祠以祀，每年農曆9 月15 日為朱子誕辰，縣府都會舉辦祭典。朱子對金門這塊島嶼的貢獻和德澤，值得鄉親銘記並且發揚光大。
